SİTOPLAZMA

Hücre zarı ile çekirdek zarının arasını dolduran yarı akışkan (kolloidal) bir sıvıdır. Sitoplazma, sıvı kısım ve organeller olmak üzere iki kısımda incelenebilir.

a-) Sıvı kısım (hücre plazması)
Yapısının büyük bölümü sudur. Hücrelerin büyük bir kısmında su oranı %70-90 kadardır. Bitkilerde bu oran % 98'e kadar çıkabilirken, spor, tohum ve bazı bakterilerde %15'ten %'de kadar düşebilmektedir. Sıvı kısımda suyun yanında yapısal proteinler, karbonhidratlar, yağlar, hormonlar, nükleotitler, enzimle ve vitaminlar gibi çeşitli organik maddeler ve madensel tuzlar gibi inorganik maddelerde bulunmaktadır. Hareketli bir yapı olan sitoplazma, içinde bulundurduğu enzimler yardımıyla birçok metabolik olayın gerçekleştiği yerdir. Bu metabolik olaylardan bazıları sitoplazmada gerçekleşirken bazıları ise sitoplazma içerisinde bulunan organeller tarafından gerçekleştirilmektedir.

b-) Organeller

Zar tipine göre üç grupta incelenirler.

SENTROZOM

Hayvan hücrelerinde hücre bölünmesinde mikrotübüllerin oluşumunu yönlendiren merkez sentromdur.
Sentrozomlar tüm hücrelerde bulunmayabilir. Buna rağmen var olan mikrotübüllerin hareketi kromozomların hareketini sağlar. Hayvan hücrelerinde bulunan sentrozom sitoplazma sıvısından ayırt edilebilen bir madde ile çevrelenmiş bir çift sentriyolün bulunduğu bölgedir. Her bir sentriyol dokuz adet üçerli mikrotübülden oluşur. Bu miktotübüller silindirik yapı oluşturacak şekilde dizilir.

RİBOZOM

Ribozomlar hücrede protein sentezinin yapıldığı yerlerdir.
Hücrenin en küçük organelleri olan ribozomlar virüsler hariç tüm hücrelerde bulunan temel organellerdir. Ribozomlar rRNA ve proteinden oluşan iki alt birimden meydana gelirler (büyük ve küçük alt birim). Bu alt birimler birbirinden ayrı iken inaktif durumdadırlar. Hücrede protein sentezi yapılacağı zaman birleşerek işlevsel (aktif) hale gelirler. Ribozomlar hücrede sitoplazmada serbest olarak, endoplazmik retikulum ve çekirdek zarı üzerinde, mitokondri ve kloroplast sıvısında bulunabilirler. Ribozomlar ökaryot hücrelerde çekirdekçikte üretilirler. 
Bir hücrede aynı çeşit proteinden çok sayıda ve hızlı üretilmesi gerekiyorsa ribozomlar boncuk dizisi şeklinde dizilirler. Buna polizom (poliribozom) denir.


ENDOPLAZMİK RETİKULUM (ER)

Ökaryot hücrelerde hücre zarı ile çekirdek zarı arasında uzanan kanalcık ve borucuklar sistemidir. Çoğu ökaryot hücrede en büyük organeldir.
ER kanalcıklarını çevreleyen zar, hücre zarına benzer yapıdadır. ER hücrelerin etkinliğine göre dağılımı, miktarı, biçimi bakımından farklılık gösterir.


⇒Hücre içi madde taşınımını sağlar.
⇒Yağ sentezinde ve steroit yapıda hormon salgılanmasında etkilidir.
⇒Hücrede asit, baz tepkimelerinin birbirini etkilemeden, ayrı ayrı odacıkların içinde oluşmasını sağlar.
⇒Hücreye destek sağlayarak hücrelerin mekanik etkilere karşı daha dayanıklı olmasını sağlar.
⇒ER hücredeki bazı organelleri oluşturabilir. Bunlar golgi, lizozom ve kofuldur.
⇒Hücre yaşlandıkça ER miktarı azalır. Buna bağlı olarak da hücrede madde yapımı ve taşınımı olayları yavaşlar.
⇒ER hücre bölünmesinin başlangıcında parçalanır ve bölünme tamamlandıktan sonra tekrar oluşturulur.

ER üzerinde ribozom taşıyıp taşımamasına göre granüllü ve granülsüz ER olmak üzere iki grupta incelenir.




1-) Granüllü ER
Granüllü ER zarı üzerinde ribozomlarda sentezlenen birçok protein ER içine girer. bu proteinlerin ribozomlarda sentezlenmiş halleri işlevsel değildir. Proteinler ER'de hücrenin çeşidine göre farklı işlemlerle yapısal değişikliğe uğratılarak işlenmiş olur. Daha sonra işlenen bu proteinler golgi cisimciğine taşınır ve burada görevlerine göre sınıflandırılır.
Özellikle protein sentezinin hızlı olduğu hücrelerde daha çok bulunur.
2-) Granülsüz ER
Üzerinde ribozom taşımaz. Yağ ve karbonhidrat metabolizmasında etkilidir. Granülsüz ER ayrıca kas hücrelerinde kalsiyum depolanmasında karaciğer hücrelerinde ilaçların etkisiz hale getirilmesinde rol oynar.
Endokrin bezlerde ve yağ sentezi yapan hücrelerde bulunur. 

Sarkoplazmik Retikulum (SR) 

Düz ve çizgili kaslarda bulunan özel bir tip granülsüz endoplazmik retikulumdur. Aradaki fark, SR'da bulunan proteinlerin kalsiyum depolamaya ve pompalamaya yaramalarıdır. Kas uyarılınca SR'de depolanan kalsiyum salınır, bu da kasın kasılmasına neden olur.

GOLGİ CİSİMCİĞİ

Golgi cisimciği zarla çevrili disk şeklinde üst üste dizilmiş yassı keselerden oluşmuştur. Ökaryot hücrelerde bulunan golgi cisimciği keselerinin sayısı, doku tipine ve metabolik faaliyetlere göre değişir. Hücrede genellikle çekirdeğe ve ER'ye yakın olarak bulunur. 

Kan hücreleri, olgun spermler, prokaryot hücreler dışındaki hücrelerle bulunur. Salgı yapan hücrelerde fazla miktarda bulunur ve bulunduğu dokuya göre de uygun salgıları üretir.
Golgi cisimciğinde ER'den gelen maddeler (proteinler, lipitler ve karbonhidratlar) daha ileri derecede işlenir ve görevlerine göre sınıflandırılır. Buradaki işlemle ER'den gelen maddeler salgı görevi yapacak, plazma zarına, hücre duvarına ya da lizozomların yapısına katılacak şekilde farklılaştırılır.
Golgi cisimciğinde sentezlenen glikoprotein, glikolipit ve lipoproteinler plazma zarının yapısına katılır. Golgi cisimciğinde işlenen maddeler kesecikler halinde sitoplazmanın sıvı kısmına bırakılır.
Örnek: pankreas hücrelerindeki golgi cisimciğinde sentezlenen sindirim enzimleri salgı keseciklerinde depolanır ve gerektiğinde ekzositozla hücre dışına verilir.

Ayrıca golgi hücredeki sindirim enzimlerini paketleyerek lizozom organelini oluşturur. ER'den golgiye aktarılan protein, lipit ve karbonhidratlar daha ileri derecede işlenir ve görevlerine göre sınıflandırılırlar. Golgide işlenen bu maddeler kesecikler halinde sitoplazma sıvısına bırakılırlar.
Bu organel işlevini kaybederse salgı üretimi durur.
Örnek: yaş ilerledikçe tükürük salgısının azalması

LİZOZOM

Lizozomlar karbonhidrat, protein, lipit gibi organik bileşikleri parçalayıcı enzimler içeren, zarla çevrili organellerdir. 
Alyuvar hücreleri dışında bütün hayvan hücrelerinde bulunur. Lizozomların sayıları akyuvar ve karaciğer hücrelerinde oldukça fazladır.
Yapılarında ER ya da golgi cisimciğinden oluşan lipoprotein yapısında bir zar ve zarın içini dolduran sindirim enzimleri vardır. Lizozom içindeki enzimler asidik (pH=5) ortamda çalıştığından, sitoplazmanın sıvı kısmında (pH=7) etkinlik göstermez. Bu sindirim enzimleri hücrenin fagositoz ya da pinositozla aldığı büyük moleküllü maddeleri sindirir. Lizozomlar ER ve golgi cisimciği tarafından şekillendirilir.
Granüllü ER'de sentezlenen pasif enzimleri içeren kesecikler golgi cisimciğine gönderilir. Golgi cisimciğine ggelen keseciklerdeki enzimler aktif hala gelerek buradan lizozom kesecikleri şeklinde sitoplazmanın sıvı kısmına bırakılır.

Besinler, besin kofuluna alındıktan sonra lizozom keseleri bu kofullarla birleşir ve difüzyonla hücre zarından geçebilecek kadar küçük moleküllere parçalanır. Geride kalan atık maddeler yüksek organizasyonlu canlılarda birikir ve bir zaman sonra hücre yaşlanmasıyla birlikte lipofuksin pigmentinin oluşumu görülür. Biriken bu madde yaşlı bireylerin ellerinde, omuzlarında ya da yüzünde kahverengi lekeler oluşturur.
Organizmada ölüm ve bazı hastalık durumlarında hücre içi kontrol mekanizması bozulduğundan lizozom enzimleri serbest kalır ve hücre içeriğini parçalar. Bu olaya otoliz adı verilir. Bazı durumlarda ise hücreler kendi lizozomları tarafından kontrollü olarak yok edilir. Kontrollü hücre ölümü adı verilen bu olaydan lizozom enzimleri tek başına sorumlu olmayıp diğer genetik faktörler de etkilidir.

KOFUL

Kofullar tek katlı zarla çevrili içi sıvı dolu keselerdir. Çekirdek zarı, hücre zarı, endoplazmik retikulum ve golgi tarafından oluşturulabilirler. Bitki ve hayvan hücrelerinde yapı ve görevleri bakımından farklılık gösterir.
Olgun bitki hücrelerinde genellikle bir merkezi koful bulunur. Merkezi kofulun içini dolduran sıvının derişimi yüksektir. Bu durum kofulun içine su girişi dolayısıyla kofulun şişmesine neden olur. Bu şişkinlik turgor basıncına ve bitkinin dik durmasına yol açar.
Bitki kofulunun içeriğinde suyla birlikte mineral tuzları, amino asitler, şekerler, atık ürünler ayrıca çeşitli pigmentler bulunur. Kofullar bitkide çeşitli görevleri yerine getirir.